Las Comisiones de la AMSDE son los grupos temáticos deliberativos que el Pleno de la Asamblea constituye para el análisis y discusión de los temas relacionados con los objetivos de la Asociación o de aquellos asuntos que sean de interés para el Desarrollo Económico Regional.

Dichos grupos se integran con la participación voluntaria de los miembros de la AMSDE; cuentan con un Coordinador de Operación, este cargo será desempeñado indistintamente por un asociado o un funcionario adscrito a la Secretaría de Desarrollo que se le encargue la tarea de la comisión, será designado por el Consejo Directivo o, en su defecto, por la Asamblea de Asociados, en virtud de su perfil y conocimiento profesional en el ámbito de especialización de la Comisión Técnica que corresponda.

Las Comisiones de la AMSDE pueden sesionar con la participación de sus miembros o a través de representantes designados para tal efecto. Sus reuniones se realizan de manera sistemática y constante y, dependiendo de la participación de sus integrantes.

A partir de su agenda temática y sus respectivos calendarios de trabajo, las Comisiones funcionan como el entorno donde se realizan los proyectos y estudios económicos, a través de los cuales se busca fortalecer la operación e instrumentación de políticas públicas a favor del desarrollo económico regional.